Fuerteventura ist die älteste Insel der Kanaren; sie entstand vor etwa 20,6 Millionen Jahren und ist vulkanischen Ursprungs. Der Großteil der Inselmasse entstand vor ca. 5 Millionen Jahren und ist seitdem durch Wind und Wetter stark erodiert. Die letzten vulkanischen Aktivitäten auf Fuerteventura erloschen vor 4.000 bis 5.000 Jahren.
Der höchste Punkt auf Fuerteventura ist der Berg Pico de la Zarza (807 m), auch Pico de Jandía genannt, auf der gleichnamigen Halbinsel.
Im Nordosten der Insel findet man (bei Corralejo) große Sanddünenbereiche (Wanderdünen), die die Nähe der kanarischen Inseln zu Nordafrika sehr anschaulich werden lassen (Parque Natural de Corralejo). Der Sand besteht aber zu großen Teilen aus zerriebenen Meerestiergehäusen (Muscheln, Schneckenhäuser). An manchen Stellen findet man auch Kalkformationen vom ehemaligen Meeresboden, die ebenso wie die schwarzen Vulkanreste stark erodieren und ihren Teil zum meist gesprenkelten Sand beitragen.
Die Insel erreicht zwischen der Nord- und Südwestspitze eine Länge von knapp 100 Kilometern und misst an der breitesten Stelle 31 Kilometer. Der Istmo de la Pared ist mit fünf Kilometern Breite die schmalste Stelle Fuerteventuras und gliedert die Insel in zwei Teile: den nördlichen Teil Maxorata, nach dem auch die ursprünglichen Inselbewohner Majoreros benannt sind, und die südliche Halbinsel Jandía. Die Inselfläche von knapp 1700 Quadratkilometern ist, im Vergleich zu anderen Kanarischen Inseln, mit rund 66 Einwohnern pro km² nur sehr dünn besiedelt.